第六季故事为第五季结束时，萨德侵占莱克斯的身体，并灌输他跟克拉克一样的超能力，还释放一种病毒到地球。

马蒂（凯瑟琳·海格尔 Katherine Heigl 饰）的恋人在一次意外中失去了生命，怀着恋人的孩子，马蒂不知道今后的生活该何去何从。此时，一个名叫克拉克（戴尔·米德基夫 Dale Midkiff 饰）的男人出现在了马蒂的面前，他以给孩子找个母亲为由向马蒂求婚，并允诺会在来年春天付给马蒂回城的旅费，迫于生计，马蒂答应了。　　幸运的是，克拉克是一位正人君子，他对马蒂以礼相待，绝不做任何非分之举。可是克拉克的女儿却并不像她的父亲那样，对于凭空出现的“母亲”，她产生了强烈的排斥心理。随着时间的流逝，马蒂的

在上一季中，朗娜由于用元素石自卫，而杀了人...元素被污染引发了流星岩直接撞击地球一个小镇---史摩维尔。朗娜逃亡中不幸坠机后究竟看到了什么？而另一方面，克拉克无故消失在洞穴中却出现南极腹地...